振兴农村经济，最终取决于科学技术的进步和科技成果的广泛应用。这已成为全党和全国人民的共识。但是，与发展其他产业相比，推进科技兴农战略，表现出一个更为复杂的矛盾运动过程。这是因为，它不仅涉及无机世界，而且涉及有机世界；不仅要尊重经济规律，而且要尊重自然规律。正是由于农业生产所存在的固有的特点，使科技兴农必须综合开发资源、协调发展。
科技兴农主要是运用现代的科学技术武装农业，形成现代农业。现代农业是在传统农业的基础上发展起来的，并不是对传统农业的全盘否定，而是一种扬弃并存的转化。它继承和发扬传统农业精华，又克服和改造传统缺点，从而把农业生产力推进到一个新的发展阶段。
所谓现代农业是建立在现代科学技术、现代生产手段、现代管理方法基础上的农业。它的基本特征是用化肥、农药、农业机械等工业产品装备了农业，改善了农业生产的环境条件及土壤因素；同时，现代农艺技术通过科学试验所提供的优良品种、科学的栽培饲养技术以及科学管理方法改善了农业。随着科技兴农战略的推进，现代农业的优缺点也凸显出来。
现代农业把农业单位面积产量和劳动生产率推进到一个新的高度。但也同时带来了弊端。农业生产过量的投入，不但导致投入产出率下降，而且也导致了生态环境的破坏。大量的化肥、农药等化工产品长年积累的投入，污染了环境，有益于农业的昆虫、鸟兽及微生物大量死亡；受到水污染的地方，鱼类绝迹；农畜产品有害物质的积累对人类健康的危害等。所有这些，正在改变着人类生存和农业生产的环境。所以在运用现代农业手段推进科技兴农的进程中，如何处理好开发资源和生态保护的关系，使科技兴农步入健康发展的轨道，是我们应当重视的问题。
单一的开发、过度的开发、盲目的开发、掠夺的开发，使我们不知不觉地违背了自然规律，严重地恶化了农业生态环境，大自然已经惩罚和正在惩罚着我们。如果我们不能采取科学的态度，正确处理好开发资源和生态保护的关系，必将失去黑土、祸及子孙，丧失生存之地。农业资源是由植物、动物、微生物系统和温、光、水、土、气等非生物系统交织而成的十分复杂的生态系统。对这个系统的开发利用，是一个多目标的方略问题。既要充分利用资源，发展农业生产，在较少的资源条件下获得质量较好数量较多的人们所必须的农产品；又要保护资源，使有限的资源不断增值更新，使生态系统的物质循环和能量转化功能不断增强。走农业综合开发的路子是解决这一矛盾的好办法。综合开发就是要坚持保护和开发并重，实现两者的辩证统一。
当然，保护是前提。大家知道，土地、水、森林、动植物物种资源是农业生产的自然物质基础或劳动对象，只有保护好农业自然资源，才能有效地开发利用自然资源。综合开发是补偿和再生资源，保持农业生态的动态平衡，保护资源的永续利用，提高土地生产率的最佳途径。生态平衡是农业生产的一条基本规律。因此，保护农业的基本生产资料—土地，保护农业的命脉—水，保护陆地生态系统枢纽—森林，保护丰富的遗传基因—各种农业生物资源，应成为农业综合开发的首要任务和最根本的指导思想。
实践证明，对于这样一个追求多目标的大系统，依靠某一门科学技术或某一部门经济学都有很大的片面性。只有引用联系论、整体论的系统的科学思想，采取多学科交叉应用，多手段综合利用，才有可能保证多目标的实现，才能使科技兴农向纵深发展。
农业综合开发的战略布局和重点，既不是自然生态经济区，也不是单纯综合经济区，而应该是一个综合生态经济区。也就是说，它是根据该区的生态环境、资源条件、经济水平、科技手段、部门类别以及它们之间的有机联系，能产生最大效益功能的区域单元。这个单元是生态系统、经济系统和技术系统整合而成农村综合开发的合理结构，构成科技兴农的总体框架，推动农业整体战略的实现。
