祁连山自然保护区位于甘肃、青海两省交界处，是甘肃省河西陆地生态系统的主体，也是甘肃省生态环境建设的主体。祁连山脆弱的森林生态和实际存在的危及生态环境建设的矛盾和问题，使其越来越不适应河西乃至甘肃省社会经济可持续发展的要求。 一、祁连山自然保护区林业生态体系建设存在的问题 森林生态系统受周边环境影响大。畜牧业、采矿、挖药及其他工业的发展以及病虫害等自然灾害，严重威胁着整个林业生态物种的正常生存。林牧矛盾突出，给护林工作带来相当大的困难。树种单一，林分结构简单，生态系统脆弱，森林病虫鼠害种类多，已危及全区森林的安全。林内卫生状况不良，极易发生森林火灾，护林防火任务艰巨，对森林资源构成严重威胁。基础设施建设相对滞后，管护工作所需的各种硬件设施的质量及层次水平低，不能完全适应西部大开发整体战略中生态保护和建设的要求。林业投入严重不足，林业经济危困。 二、保护措施 建立健全管理制度。建立健全管理制度，明确经营方针和指导思想，在甘肃省政府的统一管理下，兼顾各级地方政府及林业部门的意见，理清发展思路，确定重点发展目标，正确、科学、全面地处理生态、经济和社会三大效益之间的关系，制定保护区林业生态经营目标和治理规划。 建立完善的林业生态补偿制度。保护区建设资金来源主要靠各级政府从财政中统筹解决。补偿基金的主要来源:一是实行公益林生态效益补偿制度，从祁连山资源受益区的水费中提出一部分作为水资源补偿费。二是从河西地区农业开发资金中安排一部分用于祁连山造林。三是依法征收育林基金、林地占用等合理费用。四是国家下拨造林、育苗和封山育林补助费。五是把祁连山水源林建设列入国家林业生态工程建设项目，进行长期投资建设。加强林业生态保护的宣传和法制建设。将资源保护与建设工作与当地农牧民群众切身利益相结合，采用多种形式，利用多种媒体，重点宣传祁连山天然林资源的重要生态地位和保护的重大意义，调动群众参与保护与建设工作的积极性和主动性。 加强法制建设，加快执法机构队伍建设，提高执法水平，依法采取行政的、法律的和经济的手段，加大对现有资源的保护力度，对现有资源不能造成新的破坏和资产流失。 加快科技队伍建设。制定适合保护与建设工作的优惠政策，充分吸纳各方面资金、人才、先进技术、管理经验、信息等，把林业生态保护切实建立在依靠科学技术和科技进步的基础上培养科技开发型人才以及科技管理人才，增强技术支撑及智力支持；建立与社会、环境、经济发展相协调的培训政策，加大培训工作力度，提高职工整体素质，增加科技含量，优选资源恢复和扩大途径，稳步推进各项工作。 切实改善基础设施建设。增加政府投入，逐步改变基础设施陈旧落后的被动局面，提高并增强森林资源三大危害的预防能力和处置能力；改善职工生活条件，维护林区社会稳定，并以此增强职工对保护与建设工作的信心和决心。 合理开发利用，大力发展林业产业。在不断保护和扩大森林资源的前提下，合理开发利用森林资源，逐步实现“以资养区”。开展实验区森林综合培育，合理间伐抚育，及时清理灾害木，避免损失，增加收入。开采实验区内的矿产资源，兴办开采业。开发实验区内的旅游资源，加强旅游业管理工作，兴办生态旅游业。开展野生动物的人工驯养繁殖和野生植物人工栽培繁育，合理开发利用生物资源。 加强各项林业制度建设,确保森林资源安全。建立和完善林业资源监测、生物多样性保护、森林病虫害监测和防治、自然灾害测报、信息交流网络和科技队伍政策建设等体系，加强森林生态环境的管理，为森林植被建设、灾害的防治提供决策依据和宽松的人才交流、融资投资环境，加快植被恢复和生态建设步伐。 为了缓解人口对资源和环境的压力，对保护区因植被破坏使当地居民丧失基本生存条件的生态极度脆弱区，政府应实行积极的生态移民政策。
