一、存在问题分析
(一)成本增加致使内控制度发展缓慢
只有建立了严密的控制程序才有可能使得内部会计控制系统正常运行，同时，如果在内部控制系统设置环节多，可能医院内部控制效果就可能会好，这样控制的目的就较为容易达到，但每一个程序的执行都需要在人、财、物方面增加成本支出。一般来说，决策层为了追求少投入、低成本，往往不愿意在内控方面增加力、财、物的投入，有些决策层不设或尽量减少内部控制系统设置的环节，这样一来，虽然降低了医院管理成本，但内部会计控制的作用却得不到发挥，制约了内部会计控制的发展。
(二)内部控制人员素质有待提高，制度更新显得滞后
在内部控制系统中，会计人员的素质水平显得尤为重要和突出，这将直接影响整个内部控制系统的正常运行。一方面，部分会计人员职责操作意识不强，工作中缺乏主动性，思想上缺乏责任性，有的无视财经法规，弄虚作假，使会计信息严重失真，更谈不上内部控制制度的建立和实行；另一方面，部分会计人员的专业理论水平没有适时提高，面对日趋复杂的经济环境，如果不能及时发现新情况和新问题，从而没有适时做出应有的补充和调整，墨守成规，缺乏科学的管理控制方法，也给实行内部控制带来了影响。
(三)监督机制评价准则并无统一
对于部队医院内部控制制度中，目前还没有统一内部监督和评价机制，在医院内部，缺乏对决策层的约束监督，缺乏部门之间、岗位之间的相互制衡；在外部，尽管我国已形成了包括政府监督和社会监督在内的医院外部监督体系，但对部队医院而言，外部监督是缺失的，仅有来自上级业务部门的内部监督效果也不尽如人意．一是外部监督的标准不一，缺乏横向沟通，未能形成有效的监督合力．二是监督没有按照内部控制设定的目标进行，有的甚至以平衡预算和创收为目的，监督弱化问题严重。
二、完善医院内部控制制度的主要措施
(一)改善内部环境，做好医院内部会计制度宣传工作
医院决策层应深刻理解和充分认识建立医院内部会计制度的重要性，重视单位内部控制制度的建立工作，明确单位负责人对本单位内部会计控制的建立健全及有效实施负责．这需要医院财务部门依据会计制度的要求做好宣传和讲解工作。
(二)结合医院实际，完善医院内部会计控制制度
医院财务部门在认真学习和领会内部会计控制的实质基础上，结合医院业务流程，制定一套完整的相关内部会计控制，主要包括有：货币资金、工程项目、医疗收费、采购与付款、筹资、成本费用、对外投资等经济业务的内部会计控制。具体做法有：
1.可以合理设置会计相关岗位，并且明确职责权限，同时形成相互制衡机制的条件，做到不相容职务相互分离的控制，其中不相容职务包括：会计记录、业务经办、授权批准、财产保管、稽核检查等职务。各职能部门授权一定要明确，因岗设人，责任到位。
2、根据会计系统控制要求，才能制定适合部队医院实际的《部队医院会计制度》，同时建立和完善会计档案保管和会计工作交接办法，另外，明确会计凭证、会计账簿和财务会计报告的处理程序，实行会计人员岗位责任制，充分发挥会计的监督职能。
4、按照预算控制要求，制定《部队医院预算编制暂行规定》，加强医院预算编制、执行、分析、考核等环节的管理。
5、按照财产保全控制要求，限制未经授权的人员对财产的直接接触，制定《医院实物资产管理规定》，明确对现金、药品、耗材等物品的接触人员范围控制和计价核算。
6、在全面反映紧急活动情况的基础上，重点对于业务活动中的重要信息进行分析，同似乎参考内部报告要求，在整体上增强内部管理的有效性。
(三)完善对内部控制制度的有效评价体系
对医院内部控制制度的评价，按照按照制定内部会计控制制度的目标和原则来看，主要从以下四个方面来看。（1）健全性，也就说在各个内部控制环节需要全面的按照上述几个方面采取基本控制措施，并且遵守相关基本原则，并考虑各个环节之间的衔接问题，在此基础上，建立必要的检查监督机制。（2）实用性，按照严格遵循实际情况的要求，做到实事求是，不盲目照搬照抄，如果不加分析的盲目挪用，必将对于医院内部控制制度带来混乱；（3）协调性，充分考虑内部控制各个环节必须相互协调，同时保证内部控制制度与医院总体目标的一致性；（4）经济性，应该按照遵循内部控制成本效益原则，也就是说，判断措施的可行性标准是判断控制措施所带来的效益是否大于其实施成本，但是需要指出的一点是，应该在考虑经济性的基础上，考虑到健全性的发展，最好做到两者兼顾发展。
(四)内部会计控制如何得以加强
在内部控制工作的基本框架中，如何建立健全的内部控制制度，取决于以下几个方面的内容：（1）用人应该严格。主要针对各个岗位的领导，比如总会计师、财务科长及财务人员的选拔，应该确保人员的专业素质；（2）做好岗位培训，为了达到会计人员能够分析内部控制制度作用弱化的原因以及找出薄弱环节，切实提高会计人员的政治素质和业务素质，使其为医院不断完善内部控制献计献策，发挥应有的作用，应该。医院应进行多层次、全方位会计人员岗位培训和交流。（3）加强职业道德教育。这有职业道德教育得以加强，医院内部控制制度发展才有所保证，同时应该做到有些岗位实行定期或不定期的转换制度，以便达到相互牵制、相互监督。这样为了效保障单位内部的控制制度得到切实的贯彻，需要确立全员全过程的内部控制意识，使每个职工都能自觉对照内部控制制度的要求来规范和修正自己的行为。
三、结束语
医疗单位内部控制问题的有效进行，必须通过全方位的管理模式，同时把行政手段、经济手段和法律手段充分发挥运用，保证内部控制制度的顺利实施，从而建立完善的会计内部控制制度。