既有的版权保护体系基于传统媒体环境而建立，学术期刊与新兴媒体的融合使现有学术期刊传播环境发生了重大变化。随之，该体系也呈现出较大的不适应性，出现了诸多困境，表现较为突出。
1.法律难以跟上新媒体发展节拍
学术期刊没有作者许可是否可以网络使用存量论文。“先授权后使用”是版权使用的通常法则。依此，学术期刊网络使用论文除法定例外必须获得作者信息网络传播权的授权。然而，广大学术期刊对历史上的大量存量论文，尤其是互联网还没有兴起时登载的论文，并没得到这样的授权。这意味着从法律意义上讲，学术期刊们是无法直接网络使用这些存量论文的，除非他们一个个找到作者，拿到授权，但这又几乎是不可能完成的任务。学术期刊与新兴媒体融合是大势，但若不能很顺畅地利用这部分存量作品，融媒进程自会大大受阻。学术期刊是否有“孤儿作品”的网络使用权。或者因为作者离世且无继承人，或者因为版权管理信息不全而无法找到作者，或者其他原因没有作者，等等，使得很多学术期刊掌握大量的“孤儿”或“无主”作品，对于这些作品是否能网络使用，目前得不到相关法律支持。学术期刊通过“用稿声明”方式获取信息网络传播权的法律效力问题。目前大部分学术期刊通过“用稿声明”或“投稿声明”方式来获取作者的信息网络使用权，诸如“凡经本刊采用的稿件，即视为作者同意授权本刊对其图文作品形式网络传播再使用的权利”。对于这种获权方式的合法性，学术界有不同声音，司法实践也未给予实质性支持。[4]经过作者许可的网络使用是否不需要学术期刊的授权？依照我国现行《著作权法》规定，论文信息网络传播权在作者手里，为此，一些网络媒体时常只获得了作者的许可便转载使用已在学术期刊上发表的论文。这样的网络使用对学术期刊的利益损害很大，最直接的影响当然是发行，此外也是对学术期刊论文生产投入的否定。学术论文的最终成稿出版，并非仅仅是作者的劳动成果，外审专家的评审，编辑的选稿、审稿和与作者的反复讨论，校对的审校，等等，学术期刊投入了很多，网络转载时不经过学术期刊的许可，这意味着这种投入是“为他人作了嫁衣”“被打了水漂”，是一种不公正的对待，也会严重挫伤学术期刊的积极性。现有“合理使用”给融媒环境中学术期刊合法利益带来潜在风险。如果微信或微博用户个体在朋友圈或微博空间里以学习、研究或欣赏的目的将学术期刊的论文进行上传或转发，那么这样的作品使用是否适用“合理使用”？依照传统环境来看，这样的作品使用属于我国《著作权法》所规定的“合理使用”。但在融媒环境中，若也简单将其适用，就有可能对学术期刊合法利益带来较大的损害。因为假如用户是网络大V，那么这样的上传或转发就可能带来很大的论文点击量和转发频次，这自然会冲击到学术期刊的发行量，损害学术期刊和作者的利益。
2.学术期刊版权素养整体偏低
2010年9月《传媒》杂志曾经展开过“中国媒体人版权素养调查”，数据表明，与其他媒体人相比，期刊人的版权素养最低，只有18%的期刊人经过版权培训，3%的期刊社有自己的法律顾问。[5]其中的学术期刊也不乐观。2014年和2017年国家新闻出版广电总局分别认定了两批学术期刊名单，第一批为5756种，第二批为693种。这些学术期刊大部分处于“小弱散”的状况：几名编辑，有时会有一两个编务和一两名经营人员，加上社长总编，大致10人左右规模；经营收入大多是勉以度日或靠体外输血；至今没有一家叫得响的学术期刊出版集团，期刊之间的合作交流也很少。此外，这些学术期刊的体制机制时常较为保守，大量依然是事业单位，一些已转为企业的也仅仅是“翻牌公司”。总的来说，学术期刊现有的状态很不利于学术期刊版权素养的提升。一方面，没有能力在版权领域做过多的投入，如设置版权管理部门、整理作品版权信息、展开维权保护、让员工接受版权培训，等等；另一方面，也缺少动力，体制的庇护和资源的红利虽不能使日子“红红火火”但也能“旱涝保收”，版权保护所带来的增利很难内化为一种激励。
3.版权的授权和评估环节不畅
版权的保护与利用相辅相成，合理的版权保护有助于版权利用的顺利进行，顺畅的版权利用能促使版权得到更好的保护。现今融媒环境中学术期刊的版权利用不是太畅通，突出表现在版权的授权组织不发达和价值难评估两方面。融媒环境中如何将学术期刊版权的三大利益方——作者、学术期刊和新媒体用户联系起来，这需要较为发达的版权授权中介组织。当前，与学术期刊版权相关的著作权集体管理组织——中国文字著作权协会，虽成立时间较早，但依然处于职能较弱、权限不大、规模较小、市场化程度不高的阶段，学术期刊版权授权时较少会想到借助它的力量。版权作为无形资产，如何评估其价值，这本身就是传统难题。一篇学术论文究竟价值几何，惯例评估做法，一是国家法定规定，如《使用文字作品支付报酬办法》的千字稿酬标准；二是合同约定，当事人互相约定价格。然而，现有法定规定针对传统纸质环境中而形成，融媒环境中是否适用没有法律支撑，也时常得不到相关当事人的认可，如论文的市场表现数据，如点击率和转载率的造假问题，便容易使作者或学术期刊质疑所获得的版权报偿。合同签订习惯的未养成，如很少有学术期刊与作者签订书面的授权协议，以及新环境中版权价格的很难达成等客观因素导致的合同签订率不高，也使得借助合同约定来评估版权价格的这一方式不能有效发挥作用。
4.免费分享的版权文化带来的冲击
依照新制度经济学的观点，法律法规、国家政策等正式制度与意识形态、惯习、文化等非正式制度相适应时才能得以很好地实施。融媒环境中，学术期刊版权保护体系面临的一大挑战是免费分享正成为一种版权文化。于作者而言，其并非是版权有偿使用的支持者，一方面，论文广泛传播所带来的收益更大，[6]版权有偿使用恰恰成为论文传播的一种障碍而存在；另一方面，在现有的版权有偿使用的利益分配中，最大的获益者是学术期刊和新媒体商，作者受益很少，经常以“我为鱼肉”的角色出现。于学术期刊而言，尽力借助网络媒体扩大社会影响力也成为他们一大诉求，相比较而言，微薄的论文网络版权收益显得不是那么重要。于广大使用者而言，免费消费网络作品已成为一种惯习，作为论文最主要使用群体的教师、研究人员等获取论文的通道主要是单位免费提供的期刊数据库，一般社会使用者几乎不会花钱去购买专业性很高的学术论文。现有版权保护的主体制度是围绕“版权的有偿使用”来设计，版权的物质报偿也历来被视为最主要的激励机制。融媒环境中这种版权文化的出现使得人们正在全新审视既有版权保护的合法性，那些“毋庸置疑存在”的版权保护理念、基干制度和具体举措也正面临着被再思考和再建构。